A Faculdade de Ciências da Saúde e Enfermagem, consciente da necessidade da elaboração de projetos educativos interinstitucionais, que consagrem uma atitude de interação e de cooperação entre os diferentes atores pedagógicos de forma integrada, num processo de articulação entre a teoria e a prática, tem colaboração e protocolos de cooperação com diversas organizações, consistindo numa inter-relação de trabalho entre a FCSE e os prestadores de serviços em cuidados de saúde, com carácter contínuo e prolongado.

Algumas das instituições protocoladas são:

• Administração Regional de Saúde de Lisboa e Vale do Tejo
• Serviços de Assistência Médico Social do Sindicato dos Bancários do Sul e Ilhas
• Centro de Medicina Laboratorial Germano de Sousa
• Sindicato dos Bancários do Sul e Ilhas
• ISPA - Instituto Universitário de Ciências Psicológicas, Sociais e da Vida
•  Ordem de Malta (Ordem Soberana Militar Hospitalar de São João de Jerusalém)
• Cruz de Malta (Associação Humanitária dos Bombeiros Voluntários da Cruz de Malta)
• Universidade de Évora
• Município de Cascais
• Universidade da Beira Interior
• Instituto Politécnico de Beja
• Instituto Politécnico de Santarém
• Fundação Portugal Telecom
• Município de Sintra
• Direcção-Geral de Saúde
• Congregação das Irmãs Franciscanas Hospitaleiras da Imaculada Conceição
• Associação de Beneficência "Casas de S. Vicente de Paulo"
• Santa Casa da Misericórdia de Lisboa
• União das Misericórdias Portuguesas
• Instituto Jacob Rodrigues Pereira da Casa Pia de Lisboa
• União das Misericórdias Portuguesas
• Universidade dos Açores
• Universidade de Évora
• Universidade do Porto
• Universidade Aberta
• Instituto Marquês de Valle Flôr
• Secretariado Diocesano da Educação Cristã
• Denteduco - Modelos Dentários Unipessoal, Lda
• Serviço de Saúde da Região Autónoma da Madeira
• Ministério da Educação
• CRPG - Centro de Reabilitação Profissional de Gaia
• Fundação Merck Sharp and Dohme
• Fundação Grünenthal"
• Clínica Dentária Universitária